El edificio que ahora se puede ver se levantó en el primer tercio del siglo XVII, siguiéndose en ella un plan de cruz latina, que hace que sea una de las más tempranas muestras de este tipo de templo contrarreformista en la provincia. Destaca especialmente el crucero con su disposición rectangular y cúpula ovalada, lo que puede derivar de la obra cristiana de la catedral de Córdoba.

Los teóricos del arte explican que sus machones se articulan poderosamente con medias columnas de orden gigante, las cuales dan buen tono al monumental recinto. Las cubiertas fueron reconstruidas en el siglo XVIII y nuevamente en el XIX. Pertenece a la construcción original la portada de los pies, aún con recuerdos de los Hernán Ruiz, que, como el crucero, lleva columnas dóricas, aunque acanaladas.

Perpendicular al templo se halla la capilla de Jesús Nazareno, con una rica decoración en yesera de la cúpula, vinculada al mecenazgo de los Fernández de Córdoba, quienes financiaron su construcción entre 1677 y 1689 y que prácticamente equivale a otra iglesia.